Era hijo de Giovanni Perez y Rosalina Serrari, ambos napolitanos (el apellido Perez, de origen español, era bastante común en el antiguo Reino de las Dos Sicilias). Tuvo al menos una hermana, Olimpia, nacida en 1715; habiendo permanecido célibe, el compositor la habría designado heredera. A los 11 años de edad comenzó a estudiar en el Conservatorio di Santa María di  Loreto en Nápoles, donde permaneció hasta 1733. Allí estudió contrapunto y composición con Francesco Mancini, canto y teclado con Giovanni Veneziano, y violín, su instrumento principal, con Francesco Barbella. (Barbella elogió a Pérez ante Charles Burney como 'suonatore difficilissimo di violino' y Giovanni Veneziano en canto, clavecín y órgano (en 1735 Pérez se declaraba, no se sabe con cuanto fundamento, discípulo de Leonardo Vinci. Después de completar sus estudios (la serenata "Questo è il grato e ameno giorno", 'para el uso del Regal Cons.o di SMSL' es su obra más temprana fechada), Pérez fue a Palermo al servicio de Diego Baldassare Neselli, príncipe siciliano de Aragón, cuyo hijo Diego, músico aficionado y compositor, se convirtió en su discípulo.

En 1734 el compositor presentó en el Collegio della Società di Gesù de Palermo, con motivo de las ceremonias de graduación, las cantatas en latín "Ilium palladio astu subducto expugnatum" y "Palladium" (esta última repetida en 1738). Con el advenimiento de Carlos de Borbón, de quien Aragón se convirtió en mayordomo mayor, en 1735 Pérez hizo su debut en el escenario en Nápoles con el drama musical "La nemica amante" (libretista desconocido), protagonizada por Caffarelli y por Angelo Monticelli primero en los jardines del palacio real napolitano para el onomástico del soberano, luego en el teatro de San Bartolomeo. En la dedicatoria del libreto el empresario del teatro, Angelo Carasale, se refiere a Pérez y a Pergolesi como ‘dei buoni virtuosi di questa città'. Aunque en esa ocasión Carasale lo había propuesto como uno de los 'buenos virtuosos de esta ciudad', al año siguiente la Corte se demostró reacia a confiar la programación del cartel operístico a la escasa experiencia de Pérez. En 1738 fue nombrado vicemaestro di cappella de la Cappella Palatina de Palermo, la iglesia dedicada a San Pedro en el palacio real, y se hizo maestro el año siguiente, sucediendo a Pietro Puzzuolo.

En Palermo, en ausencia de una temporada regular de teatro, Pérez, quien también podía crear en las tablas del teatro de Santa Lucía tres comedias musicales ("L’errore amoroso", carnaval de 1745; "L’amor fra congionti", carnaval de 1746; y  un "Demetrio" del todo independiente del drama de Metastasio, 23 de junio de 1746), se centró en la música sacra (la primera misa fechada data de 1736)... Gracias al virrey Bartolomeo Corsini y a Naselli, que financiaba una excelente orquesta, dio en el Palacio Real de Palermo al menos una serenata anual por el cumpleaños de la Reina y otras ocasiones dinásticas. En 1738 fue nombrado vice-maestro di cappella en el palacio real. En 1741 fue ascendido a primer maestro.

A principios de los años 1740 Pérez  se estableció firmemente como un maestro maduro. La ópera que compuso para el Teatro Alibert, Roma, para el carnaval de 1740 no se realizó debido a la repentina muerte del Papa Clemente XII; en Nápoles, donde regresó el 16 de marzo, puso en escena en pocos meses "I travestimenti amorosi"(ópera bufa de Antonio Palomba, jardín del Palacio Real, 10 de julio, y Teatro Nuovo, en otoño), la composición dramática "L’amor pittore" (Niccolò Giuvo; Palacio Real, 24 de julio) y "Siroe re di Persia" (Metastasio, San Carlos, 4 de noviembre), protagonizada por Caffarelli y Giovanni Manzuoli (ambos colaboraron después en varias ocasiones con Pérez en Lisboa). Con "Siroe" comienza una larga serie de dieciocho textos de Metastasio (quince dramas, algunos en dos versiones, tres eventos teatrales), que son los títulos más afortunados de la producción de Pérez, que ascendió a cerca de cincuenta obras, entre ellas "Demetrio" (primera versión en Palermo en 1741, "Alessandro nell'Indie" (primera versión en Génova  en 1744), "L’isola disabitata" (primera versión en Palermo en 1748, en segundo lugar, Lisboa 1767 y puesta en escena en San Carlo de Nápoles el 4 de noviembre de 1749), "Semiramide riconosciuta" (Metastasio, 1749) y "Farnace" (Zeno, 1750), "Ezio" y "Zenobia" (ambas en Milan en 1751), "Didone abbandonata" ( Génova, 1751), "Demofoonte" (Lisboa, 1752), "L’Olimpiade" (Lisboa, 1753) y  "L'Ipermestra" (Lisboa ,1754). Pérez mantuvo relaciones cordiales con el laureado poeta, con el que se reunió en Viena en 1749.
En Roma disfrutó de bastante suerte, que se evidencia no sólo por la presencia de su música en los archivos, sino también por la popularidad de sus sinfonías de ópera ejecutadas de forma independiente. Pérez también cultivó además la música sacra, siendo un prolífico autor de misas, antífonas, responsorios, salmos:  en especial "Salmi brevi di vespro", un "Requiem" suyo se interpretó en 1747 en Palermo, en memoria de Felipe V. Autorizado por el Virrey Eustachio de Laviefuille el 9 de marzo de 1748, Pérez se hizo reemplazar en Palermo por Salvatore Bertini y salió de la ciudad, donde no habría de regresar, aunque continuó recibiendo la mitad de su sueldo de Palermo hasta su muerte.

Procedió a organizar sus óperas en sucesión rápida en Nápoles, Roma, Florencia, Venecia, Milán, Turín y Viena. Compitió con Niccolò Jommelli en un examen público para el puesto  de maestro di cappella en el Vaticano en febrero de 1749. Los cardenales Albani y Passionei ayudaron a conceder el puesto a Jommelli, aunque Pérez era popular entre los músicos (Girolamo Chiti, el maestro di cappella de San Giovanni in Laterano, comentaba que Pérez ‘compone, canta y toca como un ángel' y ‘es enormemente superior a Jommelli en fundamentos, cantando y tocando'. Es, sin embargo, un hipocondríaco imaginario'). Entre 1739 y 1753 Pérez escribió, en especial para la Capilla de la Soledad y otras sedes de Palermo, diez dramas sacros, de los cuales sobreviven solamente "Passione di Gesù Cristo", de Metastasio (1742) e "Il martirio di san Bartolomeo" (escrito en Roma para los filipinos en 1749 y repuesto en Padua en 1779. El 7 de diciembre  de 1749 Pérez alcanzó Viena en compañía de Diego Naselli, recomendado por Metastasio a la princesa Anna Francesca Pignatelli di Belmonte; en la corte fue bien recibido y en 1750 organizó las óperas "Andromaca", para la apertura de la temporada, y "Vologeso"; el compromiso arrojó un beneficio total de 825 florines.

En 1752 llegó el punto de inflexión en la carrera de Pérez, llamado a la corte del rey de Portugal, José I, como compositor (y de facto director musical) y maestro de música de la Princesa de Brasil y de las infantas (sin embargo no como maestro de la Capilla Real). La ambición del nuevo rey era partir de la política musical de su padre, que favorecía la música de iglesia, y daba una posición central a la ópera italiana en la corte. El tratamiento escénico suntuoso era la regla, y las óperas de Pérez fueron montadas por  diseñadores famosos tales como Berardi, Dorneau, Bouteux y Galli-Bibiena. Igualmente importantes fueron los grandes cantantes que aparecieron en la corte portuguesa, incluyendo a Raaf, Elisi, Manzuoli, Gizziello y Caffarelli. Si bien manteniendo contactos con la patria -sostuvo correspondencia con el padre Martini; procedió por cuenta de la Corona a la formación de algunos estudiantes portugueses, incluyendo a Jerónimo Francisco de Lima y João de Sousa Carvalho (más tarde su sucesor como maestro de música de la familia real), en el Conservatorio de San Onofrio de Nápoles- nunca salió de Lisboa, donde fue tenido en la más alta estima, y el 13 de septiembre de 1760 Pérez fue consultado para la construcción de los órganos en el convento de Mafra; el colega Giuseppe Scolari dedicó al ‘renombradísimo' Pérez el "Arcifanfano”, representado en Lisboa probablemente en 1768.

Remunerado con el generoso sueldo de 50.000 francos, Pérez disfrutó en los primeros años de la rica vida teatral sobre el Tajo, promovido con entusiasmo por el soberano que, en las tres salas de la Ópera do Tejo, dell'Ajuda y del Palacio de Salvaterra, realizó arreglos grandiosos encomendados a los más virtuosos en la plaza, hasta el desastroso terremoto del 1 de noviembre de 1755. Pérez escapó al sismo -estaba en Belem con la corte, que, no obstante, marcó el final de una década de intenso trabajo operístico: en Lisboa había dado siete obras, creadas con escenografías increíbles y sensacional elenco (solamente Gioachino Conti, llamado il Gizziello, interpretó cuatro de sus títulos, antes de ser nombrado ´virtuoso de la cámara del rey), culminando con "Alessandro nell’Indie" en ese fatídico 1755, con las voces de Anton Raaff, Gregorio Babbi y Caffarelli y la escenografía de Carlo Sicinio  Galli Bibiena, para la inauguración del teatro dos Paços da Ribeira.

Reducida drásticamente la vida teatral, atrapada entre la concurrencia de la ópera bufa y de la seria de Jommelli, en los veinte años sucesivos Pérez presentó sólo otros tres dramas: la segunda versión del "Demetrio" de Metastasio, 1765; el célebre "Solimano", 1768, adaptación del drama de Giovanni Ambrogio Migliavacca para "Hasse"; "Creusa in Delfo", 1774, del poeta de la corte Gaetano Martinelli. Fama considerable tuvo el compositor en Londres, donde, entre 1755 y 1764, subieron al escenario al menos un drama original ("Ezio", 1755) y varios pastichos con música suya ("Attalo", "Solimano", "Farnace", "Vologeso", "Arminio", "Didone abbandonata", "Nerone", "Senocrita"; el editor Walsh le dedicó una docena impresa de colecciones de arias y Bremner publicó en 1774, a cargo de 173 suscriptores, una edición en folio, con un retrato del compositor tallada por Francesco Bartolozzi, del Mattutino de’ morti, única composición completa publicada en vida de Pérez, quien siempre en 1774 estaba afiliado a la Academia de Música.

La naturaleza de la producción de Pérez cambió como consecuencia del terremoto de Lisboa del 1 de noviembre de 1755. La corte se retiró de los teatros, y ninguna ópera se produjo durante siete años (y después de esto sólo en un estilo menos espectacular). En los últimos 23 años de su vida, Pérez escribió sólo unas pocas óperas nuevas; sin embargo, escribió una gran cantidad de música de iglesia, cubriendo casi todos los rituales y prácticas de las dos capillas musicales principales de Lisboa, la capilla real y el Seminário da Patriarcal. Animado por verdadero espíritu religioso -ya el  28 de octubre de 1750 Metastasio se alegraba de que 'entre las jaculatorias, la abstinencia, el ayuno, la disciplina y vuestras otras ocupaciones religiosas pueda siquiera haber encontrado un momento para darme noticias suyas'-. Pérez impulsó  en términos sustanciales el repertorio  de la Capilla Real y el Seminario de Musica da Patriarcal, desarrollando un estilo maduro que se aleja de la producción italiana de los años treinta y de los cuarenta. Desde 1774 la salud del compositor comenzó a declinar: aunque ahora ciego, continuó componiendo, hasta la composición dramática de Metastasio "La pace fra la virtù e la bellezza", del 17 de diciembre de 1777. El 1 de mayo, había dirigido el "Te Deum" para la aclamación de la reina María I, su alumna, quien le concedió la Orden de Cristo.

Como nunca dejó Portugal, su aclamación internacional declinó lentamente. No obstante, Gerber hace notar que hacia 1766 las composiciones de Pérez eran conocidas y solicitadas en Alemania y que en 1790 era ‘uno de los compositores más famosos y queridos entre los maestros italianos… uno de los últimos compositores que mantuvieron el rigor del contrapunto'. En 1774 Pérez llegó a ser por aclamación miembro de la Academia de Música Antigua de Londres, donde la única pieza a gran escala impresa en su vida, el "Mattutino de' morti", fue publicada por Bremner. Su música, particularmente la de iglesia, fue ampliamente copiada en Italia. Durante los últimos cuatro años de su vida padeció una enfermedad crónica, perdiendo su vista en el futuro, pero continuó componiendo. En 1778 María I (una de sus alumnas) le nombró Caballero de la Orden de Cristo; y cuando  murió ella ordenó que su funeral fuera realizado con pompa a expensas de la corte. Pérez compuso más de 45 obras dramáticas entre 1733 y 1777, alrededor de la mitad de las cuales fueron óperas escritas entre 1744 y 1755, el periodo durante el que se concentró casi exclusivamente en el género. Extractos de “Armiño”, “La didone abbandonata”, “Ezio”, “Il Farnace”, “Solimano” y “Vologeso” fueron publicados en Londres por John Walsh, y muchas obras existen en manuscrito. Las óperas de Pérez de los años 1750 frecuentemente despliegan un dominio orquestal superior al de la escuela de ópera italiana de la época, incorporando rasgos que aparecían en su música de iglesia de los años 1740. “Solimano” (1757) es su obra maestra reconocida. Contiene 14 arias dal segno, una cavatina y seis recitativos acompañados, cuyo alcance y procedimientos son excepcionales.

Entre los contemporáneos Pérez gozaba de gran estima: fue comparado desde Jean Jacques Rousseau a Corelli, Vinci, Jommelli y Durante entre los autores cuyo genio ha guiado 'en el santuario de la armonía'. Fue alabado por  la mayoría de sus colegas contemporáneos por la maestría de sus obras. La popularidad de su producción sacra se demuestra por la considerable expansión de sus obras en archivos y bibliotecas, especialmente en Italia, Portugal y Alemania: Ernst Ludwig Gerber (1792) observó que el compositor ya era conocido y apreciado más allá de los Alpes hacia 1766. Como compositor de ópera Pérez entra, con Francesco Corselli y Jommelli, en ese grupo de autores empeñados, en la segunda mitad del siglo XVI, en una regeneración del melodrama Metastasiano: los dramas culminantes portugueses en "Solimano" y en "Creusa in Delfo" exhiben en particular una fuerte versatilidad formal que contribuye al uso del recitativo acompañado y la concatenación ingeniosa de diversos números musicales, el uso de los coros, danzas, la adopción de estilos bufos, la complejidad de los finales, una escritura más caligráfica y galante, una orquestación astuta. Pérez fue también un profesor influyente (sus alumnos incluyeron a la soprano Luisa Rosa Todi d'Aguiar y el compositor Antonio da Silva), presente en la famosa serie pariciense de los 'Solfèges d'Italie avec la basse chiffrée', cuya cuarta sección (1772) está dedicada a sus doce "Solfeggi a due voci". Aunque fue esencialmente una figura de transición en la ópera del siglo XVIII, fue no obstante uno de los grandes compositores de ópera seria, y como compositor de iglesia,  escribió alguna de la música católico romana más hermosa del siglo XVIII.